Добавил возможность создавать сиды командой seed:create. Добавил возможность выполнять сиды командой seed:run.
К сожалению на данный момент в phinx отсутствует возможность указывать свои шаблоны на сидов. В репозитории открыта проблема на реализацию этой возможности (https://github.com/cakephp/phinx/issues/1507).